Zobacz PDBs

Wyświetl dowolny obraz w swojej przeglądarce. Rozmiary plików do 2.5GB. Za darmo, na zawsze.

Całkowicie lokalne

Nasz konwerter działa w Twojej przeglądarce, więc nigdy nie widzimy Twoich danych.

Błyskawicznie szybki

Nie ma potrzeby przesyłania plików na serwer - konwersje zaczynają się natychmiast.

Domyślnie bezpieczny

W przeciwieństwie do innych konwerterów, Twoje pliki nigdy nie są przesyłane do nas.

Jaki jest format PDB?

Format ImageViewer bazy danych Palm

Format obrazu PDB (Protein Data Bank) nie jest tradycyjnym formatem „obrazu”, takim jak JPEG czy PNG, lecz raczej formatem danych, który przechowuje trójwymiarowe informacje strukturalne o białkach, kwasach nukleinowych i złożonych zespołach. Format PDB jest kamieniem węgielnym bioinformatyki i biologii strukturalnej, ponieważ pozwala naukowcom wizualizować, udostępniać i analizować struktury molekularne biologicznych makromolekuł. Archiwum PDB jest zarządzane przez Worldwide Protein Data Bank (wwPDB), który zapewnia, że dane PDB są bezpłatnie i publicznie dostępne dla globalnej społeczności.

Format PDB został opracowany po raz pierwszy na początku lat 70. XX wieku, aby zaspokoić rosnące zapotrzebowanie na znormalizowaną metodę przedstawiania struktur molekularnych. Od tego czasu ewoluował, aby pomieścić szeroki zakres danych molekularnych. Format jest oparty na tekście i może być odczytywany przez ludzi, a także przetwarzany przez komputery. Składa się z serii rekordów, z których każdy zaczyna się od sześcioznakowego identyfikatora wiersza, który określa typ informacji zawartych w tym rekordzie. Rekordy zawierają szczegółowy opis struktury, w tym współrzędne atomowe, łączność i dane eksperymentalne.

Typowy plik PDB zaczyna się od sekcji nagłówka, która zawiera metadane dotyczące struktury białka lub kwasu nukleinowego. Ta sekcja zawiera rekordy takie jak TITLE, który zawiera krótki opis struktury; COMPND, który wymienia składniki chemiczne; i SOURCE, który opisuje pochodzenie cząsteczki biologicznej. Nagłówek zawiera również rekord AUTHOR, który zawiera nazwiska osób, które określiły strukturę, oraz rekord JOURNAL, który zawiera cytowanie literatury, w której struktura została opisana po raz pierwszy.

Po nagłówku plik PDB zawiera podstawowe informacje o sekwencji makromolekuły w rekordach SEQRES. Rekordy te zawierają sekwencję reszt (aminokwasy dla białek, nukleotydy dla kwasów nukleinowych) w takiej postaci, w jakiej występują w łańcuchu. Informacje te są kluczowe dla zrozumienia związku między sekwencją cząsteczki a jej trójwymiarową strukturą.

Rekordy ATOM są prawdopodobnie najważniejszą częścią pliku PDB, ponieważ zawierają współrzędne każdego atomu w cząsteczce. Każdy rekord ATOM zawiera numer seryjny atomu, nazwę atomu, nazwę reszty, identyfikator łańcucha, numer sekwencji reszty oraz współrzędne kartezjańskie x, y i z atomu w angstremach. Rekordy ATOM umożliwiają rekonstrukcję trójwymiarowej struktury cząsteczki, którą można wizualizować za pomocą specjalistycznego oprogramowania, takiego jak PyMOL, Chimera lub VMD.

Oprócz rekordów ATOM istnieją rekordy HETATM dla atomów, które są częścią niestandardowych reszt lub ligandów, takich jak jony metali, cząsteczki wody lub inne małe cząsteczki związane z białkiem lub kwasem nukleinowym. Rekordy te są sformatowane podobnie do rekordów ATOM, ale są wyróżnione, aby ułatwić identyfikację niemakromolekularnych składników w strukturze.

Informacje o łączności są zawarte w rekordach CONECT, które zawierają wiązania między atomami. Rekordy te nie są obowiązkowe, ponieważ większość oprogramowania do wizualizacji i analizy molekularnej może wnioskować o łączności na podstawie odległości między atomami. Są one jednak kluczowe dla definiowania nietypowych wiązań lub dla struktur z kompleksami koordynacyjnymi metali, w których wiązanie może nie być oczywiste z samych współrzędnych atomowych.

Format PDB zawiera również rekordy określające elementy struktury drugorzędowej, takie jak helisy alfa i arkusze beta. Rekordy HELIX i SHEET identyfikują te struktury i dostarczają informacji o ich położeniu w sekwencji. Informacje te pomagają w zrozumieniu wzorców fałdowania makromolekuły i są niezbędne do badań porównawczych i modelowania.

Dane eksperymentalne i metody użyte do określenia struktury są również udokumentowane w pliku PDB. Rekordy takie jak EXPDTA opisują technikę eksperymentalną (np. krystalografię rentgenowską, spektroskopię NMR), podczas gdy rekordy REMARK mogą zawierać szeroką gamę komentarzy i adnotacji dotyczących struktury, w tym szczegóły dotyczące zbierania danych, rozdzielczości i statystyk udoskonalenia.

Rekord END oznacza koniec pliku PDB. Ważne jest, aby zauważyć, że chociaż format PDB jest szeroko stosowany, ma pewne ograniczenia ze względu na swój wiek i stałą szerokość kolumny, co może prowadzić do problemów z nowoczesnymi strukturami, które mają dużą liczbę atomów lub wymagają większej precyzji. Aby rozwiązać te ograniczenia, opracowano zaktualizowany format o nazwie mmCIF (plik informacji krystalograficznych makromolekularnych), który oferuje bardziej elastyczną i rozszerzalną strukturę do reprezentowania struktur makromolekularnych.

Pomimo rozwoju formatu mmCIF, format PDB pozostaje popularny ze względu na swoją prostotę i dużą liczbę narzędzi programowych, które go obsługują. Badacze często konwertują między formatami PDB i mmCIF w zależności od swoich potrzeb i narzędzi, których używają. Długowieczność formatu PDB świadczy o jego fundamentalnej roli w dziedzinie biologii strukturalnej i jego skuteczności w przekazywaniu złożonych informacji strukturalnych w stosunkowo prosty sposób.

Aby pracować z plikami PDB, naukowcy używają różnych narzędzi obliczeniowych. Oprogramowanie do wizualizacji molekularnej pozwala użytkownikom ładować pliki PDB i oglądać struktury w trzech wymiarach, obracać je, powiększać i pomniejszać oraz stosować różne style renderowania, aby lepiej zrozumieć przestrzenny układ atomów. Narzędzia te często zapewniają dodatkowe funkcje, takie jak pomiar odległości, kątów i dihedrów, symulowanie dynamiki molekularnej oraz analizowanie interakcji w strukturze lub z potencjalnymi ligandami.

Format PDB odgrywa również kluczową rolę w biologii obliczeniowej i odkrywaniu leków. Informacje strukturalne z plików PDB są wykorzystywane w modelowaniu homologicznym, w którym znana struktura pokrewnego białka jest używana do przewidywania struktury białka będącego przedmiotem zainteresowania. W projektowaniu leków opartym na strukturze pliki PDB białek docelowych są używane do przesiewania i optymalizacji potencjalnych związków leków, które następnie można syntetyzować i testować w laboratorium.

Wpływ formatu PDB wykracza poza indywidualne projekty badawcze. Sam Protein Data Bank jest repozytorium, które obecnie zawiera ponad 150 000 struktur i stale rośnie w miarę określania i deponowania nowych struktur. Ta baza danych jest nieocenionym źródłem do edukacji, pozwalając studentom eksplorować i poznawać struktury biologicznych makromolekuł. Służy również jako historyczny zapis postępu w biologii strukturalnej w ciągu ostatnich dziesięcioleci.

Podsumowując, format obrazu PDB jest kluczowym narzędziem w dziedzinie biologii strukturalnej, zapewniającym sposób przechowywania, udostępniania i analizowania trójwymiarowych struktur biologicznych makromolekuł. Chociaż ma pewne ograniczenia, jego szerokie przyjęcie i rozwój bogatego ekosystemu narzędzi do jego użytku zapewniają, że pozostanie kluczowym formatem w przewidywalnej przyszłości. W miarę rozwoju dziedziny biologii strukturalnej format PDB prawdopodobnie zostanie uzupełniony o bardziej zaawansowane formaty, takie jak mmCIF, ale jego spuścizna przetrwa jako fundament, na którym zbudowana jest współczesna biologia strukturalna.

Obsługiwane formaty

AAI.aai

Obraz AAI Dune

AI.ai

Adobe Illustrator CS2

AVIF.avif

Format plików obrazów AV1

AVS.avs

Obraz X AVS

BAYER.bayer

Surowy obraz Bayera

BMP.bmp

Obraz bitmapy Microsoft Windows

CIN.cin

Plik obrazu Cineon

CLIP.clip

Maska klipu obrazu

CMYK.cmyk

Surowe próbki cyjanu, magenty, żółtego i czarnego

CMYKA.cmyka

Surowe próbki cyjanu, magenty, żółtego, czarnego i alfa

CUR.cur

Ikona Microsoftu

DCX.dcx

ZSoft IBM PC wielostronicowy Paintbrush

DDS.dds

Powierzchnia DirectDraw Microsoftu

DPX.dpx

Obraz SMTPE 268M-2003 (DPX 2.0)

DXT1.dxt1

Powierzchnia DirectDraw Microsoftu

EPDF.epdf

Załączony format dokumentu przenośnego

EPI.epi

Format wymiany Adobe Encapsulated PostScript

EPS.eps

Adobe Encapsulated PostScript

EPSF.epsf

Adobe Encapsulated PostScript

EPSI.epsi

Format wymiany Adobe Encapsulated PostScript

EPT.ept

Encapsulated PostScript z podglądem TIFF

EPT2.ept2

Encapsulated PostScript Level II z podglądem TIFF

EXR.exr

Obraz o wysokim zakresie dynamiki (HDR)

FARBFELD.ff

Farbfeld

FF.ff

Farbfeld

FITS.fits

Elastyczny system transportu obrazów

GIF.gif

Format wymiany grafiki CompuServe

GIF87.gif87

Format wymiany grafiki CompuServe (wersja 87a)

GROUP4.group4

Surowe CCITT Group4

HDR.hdr

Obraz o wysokim zakresie dynamiki

HRZ.hrz

Slow Scan TeleVision

ICO.ico

Ikona Microsoftu

ICON.icon

Ikona Microsoftu

IPL.ipl

Obraz lokalizacji IP2

J2C.j2c

Strumień kodu JPEG-2000

J2K.j2k

Strumień kodu JPEG-2000

JNG.jng

Grafika sieciowa JPEG

JP2.jp2

Składnia formatu plików JPEG-2000

JPC.jpc

Strumień kodu JPEG-2000

JPE.jpe

Format JFIF Joint Photographic Experts Group

JPEG.jpeg

Format JFIF Joint Photographic Experts Group

JPG.jpg

Format JFIF Joint Photographic Experts Group

JPM.jpm

Składnia formatu plików JPEG-2000

JPS.jps

Format JPS Joint Photographic Experts Group

JPT.jpt

Składnia formatu plików JPEG-2000

JXL.jxl

Obraz JPEG XL

MAP.map

Baza danych obrazów wielorozdzielczościowych (MrSID)

MAT.mat

Format obrazu MATLAB level 5

PAL.pal

Pikselmapa Palm

PALM.palm

Pikselmapa Palm

PAM.pam

Powszechny format bitmapy 2-wymiarowej

PBM.pbm

Przenośny format bitmapy (czarno-biały)

PCD.pcd

Photo CD

PCDS.pcds

Photo CD

PCT.pct

Apple Macintosh QuickDraw/PICT

PCX.pcx

ZSoft IBM PC Paintbrush

PDB.pdb

Format ImageViewer bazy danych Palm

PDF.pdf

Przenośny format dokumentu

PDFA.pdfa

Format archiwum przenośnego dokumentu

PFM.pfm

Przenośny format float

PGM.pgm

Przenośny format szarej mapy (szarej skali)

PGX.pgx

Nieskompresowany format JPEG 2000

PICON.picon

Osobisty ikon

PICT.pict

Apple Macintosh QuickDraw/PICT

PJPEG.pjpeg

Format JFIF Grupy Ekspertów Fotografii Wspólnych

PNG.png

Przenośna grafika sieciowa

PNG00.png00

PNG dziedziczący głębię bitów, typ koloru z oryginalnego obrazu

PNG24.png24

Nieprzezroczysty lub binarnie przezroczysty 24-bitowy RGB (zlib 1.2.11)

PNG32.png32

Nieprzezroczysty lub binarnie przezroczysty 32-bitowy RGBA

PNG48.png48

Nieprzezroczysty lub binarnie przezroczysty 48-bitowy RGB

PNG64.png64

Nieprzezroczysty lub binarnie przezroczysty 64-bitowy RGBA

PNG8.png8

Nieprzezroczysty lub binarnie przezroczysty 8-bitowy indeksowany

PNM.pnm

Przenośna dowolna mapa

PPM.ppm

Przenośny format pikselmapy (kolor)

PS.ps

Plik Adobe PostScript

PSB.psb

Duży format dokumentu Adobe

PSD.psd

Bitmapa Adobe Photoshop

RGB.rgb

Surowe próbki czerwieni, zieleni i niebieskiego

RGBA.rgba

Surowe próbki czerwieni, zieleni, niebieskiego i alfa

RGBO.rgbo

Surowe próbki czerwieni, zieleni, niebieskiego i krycia

SIX.six

Format grafiki DEC SIXEL

SUN.sun

Rasterfile Sun

SVG.svg

Skalowalna grafika wektorowa

SVGZ.svgz

Skompresowana skalowalna grafika wektorowa

TIFF.tiff

Format pliku obrazu z tagami

VDA.vda

Obraz Truevision Targa

VIPS.vips

Obraz VIPS

WBMP.wbmp

Obraz bitmapy bezprzewodowej (poziom 0)

WEBP.webp

Format obrazu WebP

YUV.yuv

CCIR 601 4:1:1 lub 4:2:2

Często zadawane pytania

Jak to działa?

Ten konwerter działa całkowicie w Twojej przeglądarce. Kiedy wybierasz plik, jest on wczytywany do pamięci i konwertowany na wybrany format. Następnie możesz pobrać skonwertowany plik.

Ile czasu zajmuje konwersja pliku?

Konwersje zaczynają się natychmiast, a większość plików jest konwertowana w mniej niż sekundę. Większe pliki mogą wymagać więcej czasu.

Co dzieje się z moimi plikami?

Twoje pliki nigdy nie są przesyłane na nasze serwery. Są konwertowane w Twojej przeglądarce, a następnie pobierany jest skonwertowany plik. Nigdy nie widzimy Twoich plików.

Jakie typy plików mogę konwertować?

Obsługujemy konwersję między wszystkimi formatami obrazów, w tym JPEG, PNG, GIF, WebP, SVG, BMP, TIFF i więcej.

Ile to kosztuje?

Ten konwerter jest całkowicie darmowy i zawsze będzie darmowy. Ponieważ działa w Twojej przeglądarce, nie musimy płacić za serwery, więc nie musimy Cię obciążać opłatami.

Czy mogę konwertować wiele plików naraz?

Tak! Możesz konwertować tyle plików, ile chcesz na raz. Wystarczy wybrać wiele plików podczas ich dodawania.