ดู PDBs

ดู ภาพใด ๆ ในเบราว์เซอร์ของคุณ ขนาดไฟล์สูงสุด 2.5GBฟรีตลอดไป

ทั้งหมดในท้องถิ่น

ตัวแปลงของเราทำงานในเบราว์เซอร์ของคุณ ดังนั้นเราจึงไม่เห็นข้อมูลของคุณ.

เร็วแสง

ไม่ต้องอัปโหลดไฟล์ของคุณไปยังเซิร์ฟเวอร์ - การแปลงเริ่มทันที.

ปลอดภัยโดยค่าเริ่มต้น

ไม่เหมือนกับตัวแปลงอื่น ๆ ไฟล์ของคุณไม่เคยถูกอัปโหลดไปยังเรา.

รูปแบบ PDB คืออะไร?

รูปแบบ ImageViewer ฐานข้อมูล Palm

รูปแบบภาพ PDB (Protein Data Bank) ไม่ใช่รูปแบบ 'ภาพ' แบบดั้งเดิมอย่าง JPEG หรือ PNG แต่เป็นรูปแบบข้อมูลที่จัดเก็บข้อมูลโครงสร้างสามมิติเกี่ยวกับโปรตีน กรดนิวคลีอิก และการประกอบเชิงซ้อน รูปแบบ PDB เป็นรากฐานของชีวสารสนเทศและชีววิทยาเชิงโครงสร้าง เนื่องจากช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถมองเห็น แชร์ และวิเคราะห์โครงสร้างโมเลกุลของโมเลกุลชีวภาพขนาดใหญ่ได้ คลังข้อมูล PDB ได้รับการจัดการโดย Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) ซึ่งรับรองว่าข้อมูล PDB นั้นเปิดให้สาธารณชนเข้าถึงได้ฟรีทั่วโลก

รูปแบบ PDB ได้รับการพัฒนาขึ้นครั้งแรกในช่วงต้นทศวรรษ 1970 เพื่อตอบสนองความต้องการที่เพิ่มขึ้นสำหรับวิธีมาตรฐานในการแสดงโครงสร้างโมเลกุล ตั้งแต่นั้นมา ก็ได้มีการพัฒนาเพื่อรองรับข้อมูลโมเลกุลที่หลากหลาย รูปแบบนี้ใช้ข้อความเป็นหลักและสามารถอ่านได้ทั้งโดยมนุษย์และประมวลผลโดยคอมพิวเตอร์ ประกอบด้วยชุดของเรกคอร์ด ซึ่งแต่ละเรกคอร์ดเริ่มต้นด้วยตัวระบุบรรทัดหกอักขระที่ระบุประเภทของข้อมูลที่มีอยู่ในเรกคอร์ดนั้น เรคคอร์ดให้คำอธิบายโดยละเอียดเกี่ยวกับโครงสร้าง รวมถึงพิกัดอะตอม การเชื่อมต่อ และข้อมูลเชิงทดลอง

ไฟล์ PDB ทั่วไปจะเริ่มต้นด้วยส่วนหัว ซึ่งรวมถึงข้อมูลเมตาเกี่ยวกับโครงสร้างโปรตีนหรือกรดนิวคลีอิก ส่วนนี้มีเรกคอร์ดต่างๆ เช่น TITLE ซึ่งให้คำอธิบายสั้นๆ เกี่ยวกับโครงสร้าง COMPND ซึ่งแสดงรายการส่วนประกอบทางเคมี และ SOURCE ซึ่งอธิบายถึงที่มาของโมเลกุลชีวภาพ ส่วนหัวยังรวมถึงเรกคอร์ด AUTHOR ซึ่งแสดงรายชื่อบุคคลที่กำหนดโครงสร้าง และเรกคอร์ด JOURNAL ซึ่งให้การอ้างอิงถึงเอกสารที่อธิบายโครงสร้างครั้งแรก

ถัดจากส่วนหัว ไฟล์ PDB จะมีข้อมูลลำดับหลักของโมเลกุลชีวภาพในเรกคอร์ด SEQRES เรกคอร์ดเหล่านี้แสดงรายการลำดับของสารตกค้าง (กรดอะมิโนสำหรับโปรตีน นิวคลีโอไทด์สำหรับกรดนิวคลีอิก) ตามที่ปรากฏในสายโซ่ ข้อมูลนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งสำหรับการทำความเข้าใจความสัมพันธ์ระหว่างลำดับของโมเลกุลและโครงสร้างสามมิติ

เรกคอร์ด ATOM อาจเป็นส่วนที่สำคัญที่สุดของไฟล์ PDB เนื่องจากมีพิกัดสำหรับอะตอมแต่ละอะตอมในโมเลกุล แต่ละเรกคอร์ด ATOM ประกอบด้วยหมายเลขลำดับอะตอม ชื่ออะตอม ชื่อสารตกค้าง ตัวระบุสายโซ่ หมายเลขลำดับสารตกค้าง และพิกัดคาร์ทีเซียน x, y และ z ของอะตอมในหน่วยแองสตรอม เรกคอร์ด ATOM ช่วยให้สามารถสร้างโครงสร้างสามมิติของโมเลกุลขึ้นใหม่ ซึ่งสามารถมองเห็นได้โดยใช้ซอฟต์แวร์เฉพาะทาง เช่น PyMOL, Chimera หรือ VMD

นอกเหนือจากเรกคอร์ด ATOM แล้ว ยังมีเรกคอร์ด HETATM สำหรับอะตอมที่เป็นส่วนของสารตกค้างหรือลิแกนด์ที่ไม่ได้มาตรฐาน เช่น ไอออนโลหะ โมเลกุลน้ำ หรือโมเลกุลขนาดเล็กอื่นๆ ที่ยึดติดกับโปรตีนหรือกรดนิวคลีอิก เรกคอร์ดเหล่านี้มีรูปแบบคล้ายกับเรกคอร์ด ATOM แต่มีความแตกต่างเพื่ออำนวยความสะดวกในการระบุส่วนประกอบที่ไม่ใช่โมเลกุลชีวภาพภายในโครงสร้าง

ข้อมูลการเชื่อมต่อมีอยู่ในเรกคอร์ด CONECT ซึ่งแสดงรายการพันธะระหว่างอะตอม เรกคอร์ดเหล่านี้ไม่จำเป็น เนื่องจากซอฟต์แวร์การวิเคราะห์และการมองเห็นโมเลกุลส่วนใหญ่สามารถอนุมานการเชื่อมต่อได้จากระยะห่างระหว่างอะตอม อย่างไรก็ตาม สิ่งเหล่านี้มีความสำคัญสำหรับการกำหนดพันธะที่ผิดปกติหรือสำหรับโครงสร้างที่มีสารเชิงซ้อนของการประสานโลหะ ซึ่งการเชื่อมอาจไม่ชัดเจนจากพิกัดอะตอมเพียงอย่างเดียว

รูปแบบ PDB ยังรวมถึงเรกคอร์ดสำหรับการระบุองค์ประกอบโครงสร้างทุติยภูมิ เช่น เกลียวอัลฟาและแผ่นเบตา เรกคอร์ด HELIX และ SHEET ระบุโครงสร้างเหล่านี้และให้ข้อมูลเกี่ยวกับตำแหน่งของโครงสร้างเหล่านี้ภายในลำดับ ข้อมูลนี้ช่วยในการทำความเข้าใจรูปแบบการพับของโมเลกุลชีวภาพและมีความจำเป็นสำหรับการศึกษาเปรียบเทียบและการสร้างแบบจำลอง

ข้อมูลเชิงทดลองและวิธีการที่ใช้ในการกำหนดโครงสร้างมีการบันทึกไว้ในไฟล์ PDB ด้วย เรกคอร์ดต่างๆ เช่น EXPDTA อธิบายเทคนิคการทดลอง (เช่น การวิเคราะห์ผลึกด้วยรังสีเอกซ์ สเปกโทรสโกปี NMR) ในขณะที่เรกคอร์ด REMARK สามารถมีคำอธิบายประกอบและคำอธิบายประกอบเกี่ยวกับโครงสร้างได้หลากหลาย รวมถึงรายละเอียดเกี่ยวกับการรวบรวมข้อมูล ความละเอียด และสถิติการปรับแต่ง

เรกคอร์ด END แสดงถึงจุดสิ้นสุดของไฟล์ PDB สิ่งสำคัญคือต้องทราบว่าแม้ว่ารูปแบบ PDB จะใช้กันอย่างแพร่หลาย แต่ก็มีข้อจำกัดบางประการเนื่องจากอายุและรูปแบบความกว้างของคอลัมน์คงที่ ซึ่งอาจนำไปสู่ปัญหาเกี่ยวกับโครงสร้างสมัยใหม่ที่มีอะตอมจำนวนมากหรือต้องการความแม่นยำที่สูงขึ้น เพื่อแก้ไขข้อจำกัดเหล่านี้ จึงได้มีการพัฒนารูปแบบที่อัปเดตที่เรียกว่า mmCIF (Macromolecular Crystallographic Information File) ซึ่งนำเสนอกรอบที่ยืดหยุ่นและขยายได้มากขึ้นสำหรับการแสดงโครงสร้างโมเลกุลชีวภาพ

แม้จะมีการพัฒนาของรูปแบบ mmCIF แต่รูปแบบ PDB ยังคงเป็นที่นิยมเนื่องจากความเรียบง่ายและเครื่องมือซอฟต์แวร์จำนวนมากที่รองรับ นักวิจัยมักแปลงระหว่างรูปแบบ PDB และ mmCIF โดยขึ้นอยู่กับความต้องการและเครื่องมือที่พวกเขากำลังใช้ ความยืนยาวของรูปแบบ PDB เป็นเครื่องพิสูจน์ถึงบทบาทพื้นฐานในสาขาชีววิทยาเชิงโครงสร้างและประสิทธิภาพในการถ่ายทอดข้อมูลโครงสร้างที่ซับซ้อนในลักษณะที่ค่อนข้างตรงไปตรงมา

ในการทำงานกับไฟล์ PDB นักวิทยาศาสตร์ใช้เครื่องมือการคำนวณที่หลากหลาย ซอฟต์แวร์การมองเห็นโมเลกุลช่วยให้ผู้ใช้สามารถโหลดไฟล์ PDB และดูโครงสร้างในสามมิติ หมุน ซูมเข้าและออก และใช้สไตล์การเรนเดอร์ที่แตกต่างกันเพื่อทำความเข้าใจการจัดเรียงเชิงพื้นที่ของอะตอมได้ดียิ่งขึ้น เครื่องมือเหล่านี้มักให้ฟังก์ชันการทำงานเพิ่มเติม เช่น การวัดระยะทาง มุม และไดฮีดรอล การจำลองพลวัตของโมเลกุล และการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ภายในโครงสร้างหรือกับลิแกนด์ที่อาจเกิดขึ้นได้

รูปแบบ PDB ยังมีบทบาทสำคัญในชีววิทยาการคำนวณและการค้นพบยา ข้อมูลโครงสร้างจากไฟล์ PDB ใช้ในการสร้างแบบจำลองโฮโมโลยี ซึ่งโครงสร้างที่ทราบของโปรตีนที่เกี่ยวข้องจะใช้เพื่อทำนายโครงสร้างของโปรตีนที่สนใจ ในการออกแบบยาตามโครงสร้าง ไฟล์ PDB ของโปรตีนเป้าหมายจะใช้เพื่อคัดกรองและปรับแต่งสารประกอบยาที่มีศักยภาพ ซึ่งจากนั้นสามารถสังเคราะห์และทดสอบในห้องปฏิบัติการได้

ผลกระทบของรูปแบบ PDB ขยายไปไกลกว่าโครงการวิจัยแต่ละโครงการ Protein Data Bank เองเป็นที่เก็บข้อมูลที่มีโครงสร้างมากกว่า 150,000 โครงสร้างในปัจจุบัน และยังคงเติบโตต่อไปเมื่อมีการกำหนดและฝากโครงสร้างใหม่ ฐานข้อมูลนี้เป็นแหล่งข้อมูลที่มีค่าสำหรับการศึกษา ช่วยให้นักเรียนสามารถสำรวจและเรียนรู้เกี่ยวกับโครงสร้างของโมเลกุลชีวภาพ นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบันทึกทางประวัติศาสตร์ของความก้าวหน้าในชีววิทยาเชิงโครงสร้างในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา

สรุปแล้ว รูปแบบภาพ PDB เป็นเครื่องมือสำคัญในสาขาชีววิทยาเชิงโครงสร้าง โดยให้วิธีการจัดเก็บ แชร์ และวิเคราะห์โครงสร้างสามมิติของโมเลกุลชีวภาพ แม้ว่าจะมี

รูปแบบที่รองรับ

AAI.aai

ภาพ AAI Dune

AI.ai

Adobe Illustrator CS2

AVIF.avif

รูปแบบไฟล์ภาพ AV1

AVS.avs

ภาพ AVS X

BAYER.bayer

ภาพ Bayer ดิบ

BMP.bmp

ภาพ bitmap ของ Microsoft Windows

CIN.cin

ไฟล์ภาพ Cineon

CLIP.clip

Image Clip Mask

CMYK.cmyk

ตัวอย่างสีฟ้า, สีแม่จัน, สีเหลือง, และสีดำดิบ

CMYKA.cmyka

ตัวอย่างสีฟ้า, สีแม่จัน, สีเหลือง, สีดำ, และ alpha ดิบ

CUR.cur

ไอคอนของ Microsoft

DCX.dcx

ZSoft IBM PC multi-page Paintbrush

DDS.dds

Microsoft DirectDraw Surface

DPX.dpx

ภาพ SMTPE 268M-2003 (DPX 2.0)

DXT1.dxt1

Microsoft DirectDraw Surface

EPDF.epdf

รูปแบบเอกสารพกพาที่มีการหุ้มห่อ

EPI.epi

รูปแบบการแลกเปลี่ยน PostScript ที่มีการหุ้มห่อของ Adobe

EPS.eps

Adobe Encapsulated PostScript

EPSF.epsf

Adobe Encapsulated PostScript

EPSI.epsi

รูปแบบการแลกเปลี่ยน PostScript ที่มีการหุ้มห่อของ Adobe

EPT.ept

PostScript ที่มีการหุ้มห่อพร้อมตัวอย่าง TIFF

EPT2.ept2

ระดับ PostScript ที่มีการหุ้มห่อ II พร้อมตัวอย่าง TIFF

EXR.exr

ภาพที่มีช่วงไดนามิกสูง (HDR)

FARBFELD.ff

Farbfeld

FF.ff

Farbfeld

FITS.fits

ระบบการขนส่งภาพที่ยืดหยุ่น

GIF.gif

รูปแบบการแลกเปลี่ยนกราฟิกของ CompuServe

GIF87.gif87

รูปแบบการแลกเปลี่ยนกราฟิกของ CompuServe (เวอร์ชัน 87a)

GROUP4.group4

CCITT Group4 ดิบ

HDR.hdr

ภาพที่มีช่วงไดนามิกสูง

HRZ.hrz

Slow Scan TeleVision

ICO.ico

ไอคอนของ Microsoft

ICON.icon

ไอคอนของ Microsoft

IPL.ipl

ภาพ IP2 Location

J2C.j2c

codestream JPEG-2000

J2K.j2k

codestream JPEG-2000

JNG.jng

กราฟิกเครือข่าย JPEG

JP2.jp2

รูปแบบไฟล์ JPEG-2000

JPC.jpc

codestream JPEG-2000

JPE.jpe

รูปแบบ JFIF ของกลุ่มผู้เชี่ยวชาญด้านภาพร่วม

JPEG.jpeg

รูปแบบ JFIF ของกลุ่มผู้เชี่ยวชาญด้านภาพร่วม

JPG.jpg

รูปแบบ JFIF ของกลุ่มผู้เชี่ยวชาญด้านภาพร่วม

JPM.jpm

รูปแบบไฟล์ JPEG-2000

JPS.jps

รูปแบบ JPS ของกลุ่มผู้เชี่ยวชาญด้านภาพร่วม

JPT.jpt

รูปแบบไฟล์ JPEG-2000

JXL.jxl

ภาพ JPEG XL

MAP.map

ฐานข้อมูลภาพที่ไม่มีรอยต่อและมีความละเอียดหลายระดับ (MrSID)

MAT.mat

รูปแบบภาพ MATLAB level 5

PAL.pal

พิกซ์แมป Palm

PALM.palm

พิกซ์แมป Palm

PAM.pam

รูปแบบบิตแมป 2 มิติทั่วไป

PBM.pbm

รูปแบบบิตแมปพกพา (ขาวและดำ)

PCD.pcd

Photo CD

PCDS.pcds

Photo CD

PCT.pct

Apple Macintosh QuickDraw/PICT

PCX.pcx

ZSoft IBM PC Paintbrush

PDB.pdb

รูปแบบ ImageViewer ฐานข้อมูล Palm

PDF.pdf

รูปแบบเอกสารพกพา

PDFA.pdfa

รูปแบบเอกสารเก็บถาวร

PFM.pfm

รูปแบบลอยพกพา

PGM.pgm

รูปแบบกรายแมปพกพา (สเกลเทา)

PGX.pgx

รูปแบบไม่บีบอัด JPEG 2000

PICON.picon

ไอคอนส่วนบุคคล

PICT.pict

Apple Macintosh QuickDraw/PICT

PJPEG.pjpeg

รูปแบบ JFIF ของกลุ่มผู้เชี่ยวชาญด้านภาพถ่ายร่วม

PNG.png

กราฟิกเครือข่ายพกพา

PNG00.png00

PNG สืบทอดความลึกบิต, ประเภทสีจากรูปภาพเดิม

PNG24.png24

RGB 24 บิตที่ไม่โปร่งใสหรือโปร่งใสแบบไบนารี (zlib 1.2.11)

PNG32.png32

RGBA 32 บิตที่ไม่โปร่งใสหรือโปร่งใสแบบไบนารี

PNG48.png48

RGB 48 บิตที่ไม่โปร่งใสหรือโปร่งใสแบบไบนารี

PNG64.png64

RGBA 64 บิตที่ไม่โปร่งใสหรือโปร่งใสแบบไบนารี

PNG8.png8

8 บิตที่ไม่โปร่งใสหรือโปร่งใสแบบไบนารี

PNM.pnm

anymap พกพา

PPM.ppm

รูปแบบพิกซ์แมปพกพา (สี)

PS.ps

ไฟล์ Adobe PostScript

PSB.psb

รูปแบบเอกสารขนาดใหญ่ของ Adobe

PSD.psd

บิตแมป Adobe Photoshop

RGB.rgb

ตัวอย่างสีแดง, สีเขียว, และสีน้ำเงินดิบ

RGBA.rgba

ตัวอย่างสีแดง, สีเขียว, สีน้ำเงิน, และสีอัลฟาดิบ

RGBO.rgbo

ตัวอย่างสีแดง, สีเขียว, สีน้ำเงิน, และความทึบดิบ

SIX.six

รูปแบบกราฟิก DEC SIXEL

SUN.sun

Sun Rasterfile

SVG.svg

กราฟิกเวกเตอร์ขนาดยืดหยุ่น

SVGZ.svgz

กราฟิกเวกเตอร์ขนาดยืดหยุ่นที่บีบอัด

TIFF.tiff

รูปแบบไฟล์ภาพที่มีแท็ก

VDA.vda

ภาพ Truevision Targa

VIPS.vips

ภาพ VIPS

WBMP.wbmp

ภาพ Bitmap ไร้สาย (ระดับ 0)

WEBP.webp

รูปแบบภาพ WebP

YUV.yuv

CCIR 601 4:1:1 หรือ 4:2:2

คำถามที่ถามบ่อย

การทำงานนี้ทำงานอย่างไร?

ตัวแปลงนี้ทำงานทั้งหมดในเบราว์เซอร์ของคุณ เมื่อคุณเลือก ไฟล์ มันจะถูกอ่านเข้าสู่หน่วยความจำและแปลงเป็นรูปแบบที่เลือก คุณสามารถดาวน์โหลดไฟล์ที่แปลงแล้วได้.

ใช้เวลานานแค่ไหนในการแปลงไฟล์?

การแปลงเริ่มทันที และไฟล์ส่วนใหญ่ถูกแปลงใน ภายใต้วินาที ไฟล์ขนาดใหญ่อาจใช้เวลานานขึ้น.

ไฟล์ของฉันเกิดอะไรขึ้น?

ไฟล์ของคุณไม่เคยถูกอัปโหลดไปยังเซิร์ฟเวอร์ของเรา พวกเขา ถูกแปลงในเบราว์เซอร์ของคุณ และไฟล์ที่แปลงแล้วจากนั้น ดาวน์โหลด เราไม่เคยเห็นไฟล์ของคุณ.

ฉันสามารถแปลงประเภทไฟล์อะไรได้?

เราสนับสนุนการแปลงระหว่างทุกรูปแบบภาพ รวมถึง JPEG, PNG, GIF, WebP, SVG, BMP, TIFF, และอื่น ๆ อีกมากมาย.

ค่าใช้จ่ายนี้เท่าไหร่?

ตัวแปลงนี้เป็นฟรีและจะเป็นฟรีตลอดไป เนื่องจากมันทำงานในเบราว์เซอร์ของคุณ เราไม่ต้องจ่ายเงินสำหรับ เซิร์ฟเวอร์ ดังนั้นเราไม่จำเป็นต้องเรียกเก็บค่าใช้จ่ายจากคุณ.

ฉันสามารถแปลงไฟล์หลายไฟล์พร้อมกันได้หรือไม่?

ใช่! คุณสามารถแปลงไฟล์เท่าที่คุณต้องการในครั้งเดียว แค่ เลือกไฟล์หลายไฟล์เมื่อคุณเพิ่มพวกเขา.