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PDB प्रारूप क्या है?

पाम डाटाबेस ImageViewer प्रारूप

पीडीबी (प्रोटीन डेटा बैंक) इमेज फॉर्मेट JPEG या PNG जैसे पारंपरिक 'इमेज' फॉर्मेट नहीं है, बल्कि एक डेटा फॉर्मेट है जो प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड और जटिल असेंबलियों के बारे में त्रि-आयामी संरचनात्मक जानकारी संग्रहीत करता है। पीडीबी फॉर्मेट बायोइनफॉरमैटिक्स और संरचनात्मक जीव विज्ञान की आधारशिला है, क्योंकि यह वैज्ञानिकों को जैविक मैक्रोमोलेक्यूल्स की आणविक संरचनाओं को देखने, साझा करने और उनका विश्लेषण करने की अनुमति देता है। पीडीबी संग्रह का प्रबंधन वर्ल्डवाइड प्रोटीन डेटा बैंक (wwPDB) द्वारा किया जाता है, जो यह सुनिश्चित करता है कि पीडीबी डेटा वैश्विक समुदाय के लिए स्वतंत्र रूप से और सार्वजनिक रूप से उपलब्ध हैं।

पीडीबी फॉर्मेट को पहली बार 1970 के दशक की शुरुआत में आणविक संरचनाओं के प्रतिनिधित्व की एक मानकीकृत विधि की बढ़ती आवश्यकता को पूरा करने के लिए विकसित किया गया था। तब से, यह विभिन्न प्रकार के आणविक डेटा को समायोजित करने के लिए विकसित हुआ है। फॉर्मेट टेक्स्ट-आधारित है और इसे मनुष्यों द्वारा पढ़ा जा सकता है और साथ ही कंप्यूटर द्वारा संसाधित किया जा सकता है। इसमें रिकॉर्ड की एक श्रृंखला होती है, जिनमें से प्रत्येक एक छह-वर्णीय लाइन पहचानकर्ता से शुरू होती है जो उस रिकॉर्ड में निहित जानकारी के प्रकार को निर्दिष्ट करता है। रिकॉर्ड संरचना का विस्तृत विवरण प्रदान करते हैं, जिसमें परमाणु निर्देशांक, कनेक्टिविटी और प्रायोगिक डेटा शामिल हैं।

एक विशिष्ट पीडीबी फ़ाइल एक हेडर सेक्शन से शुरू होती है, जिसमें प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड संरचना के बारे में मेटाडेटा शामिल होता है। इस सेक्शन में TITLE जैसे रिकॉर्ड होते हैं, जो संरचना का संक्षिप्त विवरण देते हैं; COMPND, जो रासायनिक घटकों को सूचीबद्ध करता है; और SOURCE, जो जैविक अणु की उत्पत्ति का वर्णन करता है। हेडर में AUTHOR रिकॉर्ड भी शामिल है, जो संरचना निर्धारित करने वाले लोगों के नाम सूचीबद्ध करता है, और JOURNAL रिकॉर्ड, जो उस साहित्य का उद्धरण प्रदान करता है जहां संरचना का पहली बार वर्णन किया गया था।

हेडर के बाद, पीडीबी फ़ाइल में SEQRES रिकॉर्ड में मैक्रोमोलेक्यूल की प्राथमिक अनुक्रम जानकारी होती है। ये रिकॉर्ड अवशेषों के अनुक्रम को सूचीबद्ध करते हैं (प्रोटीन के लिए अमीनो एसिड, न्यूक्लिक एसिड के लिए न्यूक्लियोटाइड) जैसा कि वे श्रृंखला में दिखाई देते हैं। यह जानकारी किसी अणु के अनुक्रम और उसकी त्रि-आयामी संरचना के बीच संबंध को समझने के लिए महत्वपूर्ण है।

ATOM रिकॉर्ड यकीनन पीडीबी फ़ाइल का सबसे महत्वपूर्ण हिस्सा हैं, क्योंकि उनमें अणु में प्रत्येक परमाणु के लिए निर्देशांक होते हैं। प्रत्येक ATOM रिकॉर्ड में परमाणु सीरियल नंबर, परमाणु नाम, अवशेष नाम, श्रृंखला पहचानकर्ता, अवशेष अनुक्रम संख्या और एंगस्ट्रॉम में परमाणु के x, y और z कार्टेशियन निर्देशांक शामिल होते हैं। ATOM रिकॉर्ड अणु की त्रि-आयामी संरचना के पुनर्निर्माण की अनुमति देते हैं, जिसे PyMOL, Chimera या VMD जैसे विशेष सॉफ़्टवेयर का उपयोग करके देखा जा सकता है।

ATOM रिकॉर्ड के अतिरिक्त, HETATM रिकॉर्ड उन परमाणुओं के लिए होते हैं जो गैर-मानक अवशेषों या लिगैंड का हिस्सा होते हैं, जैसे धातु आयन, पानी के अणु या अन्य छोटे अणु जो प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड से बंधे होते हैं। इन रिकॉर्ड को ATOM रिकॉर्ड के समान ही स्वरूपित किया जाता है, लेकिन संरचना के भीतर गैर-मैक्रोमोलेक्यूलर घटकों की पहचान को सुविधाजनक बनाने के लिए प्रतिष्ठित किया जाता है।

कनेक्टिविटी जानकारी CONECT रिकॉर्ड में प्रदान की जाती है, जो परमाणुओं के बीच के बंधों को सूचीबद्ध करती है। ये रिकॉर्ड अनिवार्य नहीं हैं, क्योंकि अधिकांश आणविक विज़ुअलाइज़ेशन और विश्लेषण सॉफ़्टवेयर परमाणुओं के बीच की दूरी के आधार पर कनेक्टिविटी का अनुमान लगा सकते हैं। हालाँकि, वे असामान्य बंधों को परिभाषित करने या धातु समन्वय परिसरों वाली संरचनाओं के लिए महत्वपूर्ण हैं, जहाँ केवल परमाणु निर्देशांक से बंधन स्पष्ट नहीं हो सकता है।

पीडीबी फॉर्मेट में अल्फा हेलिक्स और बीटा शीट जैसे माध्यमिक संरचना तत्वों को निर्दिष्ट करने के लिए रिकॉर्ड भी शामिल हैं। HELIX और SHEET रिकॉर्ड इन संरचनाओं की पहचान करते हैं और अनुक्रम के भीतर उनके स्थान के बारे में जानकारी प्रदान करते हैं। यह जानकारी मैक्रोमोलेक्यूल के फोल्डिंग पैटर्न को समझने में मदद करती है और तुलनात्मक अध्ययन और मॉडलिंग के लिए आवश्यक है।

संरचना निर्धारित करने के लिए उपयोग किए जाने वाले प्रायोगिक डेटा और विधियों को भी पीडीबी फ़ाइल में प्रलेखित किया जाता है। EXPDTA जैसे रिकॉर्ड प्रायोगिक तकनीक (जैसे, एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी, NMR स्पेक्ट्रोस्कोपी) का वर्णन करते हैं, जबकि REMARK रिकॉर्ड में संरचना के बारे में विभिन्न प्रकार की टिप्पणियाँ और एनोटेशन हो सकते हैं, जिसमें डेटा संग्रह, रिज़ॉल्यूशन और शोधन आँकड़े शामिल हैं।

END रिकॉर्ड पीडीबी फ़ाइल के अंत को दर्शाता है। यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि जबकि पीडीबी फॉर्मेट का व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है, इसकी उम्र और निश्चित कॉलम चौड़ाई फॉर्मेट के कारण इसकी कुछ सीमाएँ हैं, जिससे आधुनिक संरचनाओं के साथ समस्याएँ हो सकती हैं जिनमें बड़ी संख्या में परमाणु होते हैं या अधिक परिशुद्धता की आवश्यकता होती है। इन सीमाओं को दूर करने के लिए, mmCIF (मैक्रोमोलेक्यूलर क्रिस्टलोग्राफिक इंफॉर्मेशन फ़ाइल) नामक एक अद्यतन फॉर्मेट विकसित किया गया है, जो मैक्रोमोलेक्यूलर संरचनाओं का प्रतिनिधित्व करने के लिए एक अधिक लचीला और विस्तार योग्य ढांचा प्रदान करता है।

mmCIF फॉर्मेट के विकास के बावजूद, पीडीबी फॉर्मेट अपनी सादगी और इसका समर्थन करने वाले बड़ी संख्या में सॉफ़्टवेयर टूल के कारण लोकप्रिय बना हुआ है। शोधकर्ता अक्सर अपनी आवश्यकताओं और उनके द्वारा उपयोग किए जा रहे टूल के आधार पर पीडीबी और mmCIF फॉर्मेट के बीच कनवर्ट करते हैं। पीडीबी फॉर्मेट की दीर्घायु संरचनात्मक जीव विज्ञान के क्षेत्र में इसकी मौलिक भूमिका और अपेक्षाकृत सरल तरीके से जटिल संरचनात्मक जानकारी को व्यक्त करने में इसकी प्रभावशीलता का प्रमाण है।

पीडीबी फ़ाइलों के साथ काम करने के लिए, वैज्ञानिक विभिन्न प्रकार के कम्प्यूटेशनल टूल का उपयोग करते हैं। आणविक विज़ुअलाइज़ेशन सॉफ़्टवेयर उपयोगकर्ताओं को पीडीबी फ़ाइलों को लोड करने और संरचनाओं को तीन आयामों में देखने, उन्हें घुमाने, ज़ूम इन और आउट करने और परमाणुओं की स्थानिक व्यवस्था को बेहतर ढंग से समझने के लिए विभिन्न रेंडरिंग शैलियों को लागू करने की अनुमति देता है। ये टूल अक्सर अतिरिक्त कार्यक्षमताएँ प्रदान करते हैं, जैसे दूरी, कोण और डायहेड्रल को मापना, आणविक गतिकी का अनुकरण करना और संरचना के

समर्थित प्रारूप

AAI.aai

AAI ड्यून छवि

AI.ai

एडोब इलस्ट्रेटर CS2

AVIF.avif

AV1 छवि फ़ाइल प्रारूप

AVS.avs

AVS X छवि

BAYER.bayer

कच्ची बायर छवि

BMP.bmp

माइक्रोसॉफ्ट विंडोज बिटमैप छवि

CIN.cin

सिनियन छवि फ़ाइल

CLIP.clip

छवि क्लिप मास्क

CMYK.cmyk

कच्चे सायन, मैजेंटा, पीले, और काले नमूने

CMYKA.cmyka

कच्चे सायन, मैजेंटा, पीले, काले, और अल्फा नमूने

CUR.cur

माइक्रोसॉफ्ट आइकन

DCX.dcx

ZSoft IBM PC बहु-पृष्ठ पेंटब्रश

DDS.dds

माइक्रोसॉफ्ट डायरेक्टड्रॉ सर्फेस

DPX.dpx

SMTPE 268M-2003 (DPX 2.0) छवि

DXT1.dxt1

माइक्रोसॉफ्ट डायरेक्टड्रॉ सर्फेस

EPDF.epdf

एन्कैप्सुलेटेड पोर्टेबल डॉक्यूमेंट प्रारूप

EPI.epi

एडोब एन्कैप्सुलेटेड पोस्टस्क्रिप्ट इंटरचेंज प्रारूप

EPS.eps

एडोब एन्कैप्सुलेटेड पोस्टस्क्रिप्ट

EPSF.epsf

एडोब एन्कैप्सुलेटेड पोस्टस्क्रिप्ट

EPSI.epsi

एडोब एन्कैप्सुलेटेड पोस्टस्क्रिप्ट इंटरचेंज प्रारूप

EPT.ept

एन्कैप्सुलेटेड पोस्टस्क्रिप्ट टिफ पूर्वावलोकन के साथ

EPT2.ept2

एन्कैप्सुलेटेड पोस्टस्क्रिप्ट स्तर II टिफ पूर्वावलोकन के साथ

EXR.exr

उच्च डायनेमिक-रेंज (HDR) छवि

FARBFELD.ff

Farbfeld

FF.ff

Farbfeld

FITS.fits

लचीला छवि परिवहन प्रणाली

GIF.gif

कम्प्यूसर्व ग्राफिक्स इंटरचेंज प्रारूप

GIF87.gif87

कम्प्यूसर्व ग्राफिक्स इंटरचेंज प्रारूप (संस्करण 87a)

GROUP4.group4

कच्चा CCITT समूह4

HDR.hdr

उच्च डायनेमिक रेंज छवि

HRZ.hrz

स्लो स्कैन टेलीविजन

ICO.ico

माइक्रोसॉफ्ट आइकन

ICON.icon

माइक्रोसॉफ्ट आइकन

IPL.ipl

IP2 स्थान छवि

J2C.j2c

JPEG-2000 codestream

J2K.j2k

JPEG-2000 codestream

JNG.jng

JPEG नेटवर्क ग्राफिक्स

JP2.jp2

JPEG-2000 फ़ाइल प्रारूप सिंटैक्स

JPC.jpc

JPEG-2000 codestream

JPE.jpe

ज्वाइंट फोटोग्राफिक एक्सपर्ट्स ग्रुप JFIF प्रारूप

JPEG.jpeg

ज्वाइंट फोटोग्राफिक एक्सपर्ट्स ग्रुप JFIF प्रारूप

JPG.jpg

ज्वाइंट फोटोग्राफिक एक्सपर्ट्स ग्रुप JFIF प्रारूप

JPM.jpm

JPEG-2000 फ़ाइल प्रारूप सिंटैक्स

JPS.jps

ज्वाइंट फोटोग्राफिक एक्सपर्ट्स ग्रुप JPS प्रारूप

JPT.jpt

JPEG-2000 फ़ाइल प्रारूप सिंटैक्स

JXL.jxl

JPEG XL छवि

MAP.map

मल्टी-रिज़ॉल्यूशन सीमलेस इमेज डेटाबेस (MrSID)

MAT.mat

MATLAB स्तर 5 छवि प्रारूप

PAL.pal

पाम पिक्समैप

PALM.palm

पाम पिक्समैप

PAM.pam

सामान्य 2-आयामी बिटमैप प्रारूप

PBM.pbm

पोर्टेबल बिटमैप प्रारूप (काला और सफेद)

PCD.pcd

फ़ोटो सीडी

PCDS.pcds

फ़ोटो सीडी

PCT.pct

एप्पल मैकिंटोश क्विकड्रॉ / PICT

PCX.pcx

ZSoft IBM PC पेंटब्रश

PDB.pdb

पाम डाटाबेस ImageViewer प्रारूप

PDF.pdf

पोर्टेबल दस्तावेज़ प्रारूप

PDFA.pdfa

पोर्टेबल दस्तावेज़ संग्रहित प्रारूप

PFM.pfm

पोर्टेबल फ्लोट प्रारूप

PGM.pgm

पोर्टेबल ग्रेमैप प्रारूप (ग्रे स्केल)

PGX.pgx

JPEG 2000 असंपीड़ित प्रारूप

PICON.picon

व्यक्तिगत आइकन

PICT.pict

एप्पल मैकिंटोश क्विकड्रॉ / PICT

PJPEG.pjpeg

ज्वाइंट फोटोग्राफिक एक्सपर्ट्स ग्रुप JFIF प्रारूप

PNG.png

पोर्टेबल नेटवर्क ग्राफिक्स

PNG00.png00

PNG मूल छवि से बिट-गहराई, रंग प्रकार वारिस

PNG24.png24

अपारदर्शी या बायनरी पारदर्शी 24-बिट RGB (zlib 1.2.11)

PNG32.png32

अपारदर्शी या बायनरी पारदर्शी 32-बिट RGBA

PNG48.png48

अपारदर्शी या बायनरी पारदर्शी 48-बिट RGB

PNG64.png64

अपारदर्शी या बायनरी पारदर्शी 64-बिट RGBA

PNG8.png8

अपारदर्शी या बायनरी पारदर्शी 8-बिट सूचीबद्ध

PNM.pnm

पोर्टेबल एनीमैप

PPM.ppm

पोर्टेबल पिक्समैप प्रारूप (रंग)

PS.ps

एडोब पोस्टस्क्रिप्ट फ़ाइल

PSB.psb

एडोब बड़े दस्तावेज़ प्रारूप

PSD.psd

एडोब फ़ोटोशॉप बिटमैप

RGB.rgb

कच्चे लाल, हरा, और नीले नमूने

RGBA.rgba

कच्चे लाल, हरा, नीला, और अल्फा नमूने

RGBO.rgbo

कच्चे लाल, हरा, नीला, और अपारदर्शिता नमूने

SIX.six

DEC SIXEL ग्राफिक्स प्रारूप

SUN.sun

सन रास्टरफ़ाइल

SVG.svg

स्केलेबल वेक्टर ग्राफिक्स

SVGZ.svgz

संपीड़ित स्केलेबल वेक्टर ग्राफिक्स

TIFF.tiff

टैग इमेज फ़ाइल प्रारूप

VDA.vda

ट्रूविजन तार्गा इमेज

VIPS.vips

VIPS इमेज

WBMP.wbmp

वायरलेस बिटमैप (स्तर 0) इमेज

WEBP.webp

WebP इमेज प्रारूप

YUV.yuv

CCIR 601 4:1:1 या 4:2:2

अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न

यह कैसे काम करता है?

यह कन्वर्टर पूरी तरह से आपके ब्राउज़र में चलता है। जब आप एक फ़ाइल का चयन करते हैं, तो यह स्मृति में पढ़ा जाता है और चयनित प्रारूप में रूपांतरित किया जाता है। आप फिर रूपांतरित फ़ाइल डाउनलोड कर सकते हैं।

एक फ़ाइल को रूपांतरित करने में कितना समय लगता है?

रूपांतरण तत्काल प्रारंभ होते हैं, और अधिकांश फ़ाइलें एक सेकंड के भीतर रूपांतरित की जाती हैं। बड़ी फ़ाइलें अधिक समय ले सकती हैं।

मेरी फ़ाइलों के साथ क्या होता है?

आपकी फ़ाइलें कभी हमारे सर्वर पर अपलोड नहीं की जाती हैं। वे आपके ब्राउज़र में रूपांतरित होती हैं, और फिर रूपांतरित फ़ाइल डाउनलोड की जाती है। हमें आपकी फ़ाइलें कभी नहीं दिखाई देती हैं।

मैं किस प्रकार की फ़ाइलें रूपांतरित कर सकता हूँ?

हम सभी छवि प्रारूपों के बीच रूपांतरण का समर्थन करते हैं, जिसमें JPEG, PNG, GIF, WebP, SVG, BMP, TIFF, और अधिक शामिल हैं।

इसका कितना खर्च होता है?

यह कन्वर्टर पूरी तरह से मुफ्त है, और हमेशा मुफ्त रहेगा। क्योंकि यह आपके ब्राउज़र में चलता है, हमें सर्वर के लिए भुगतान करने की आवश्यकता नहीं होती, इसलिए हमें आपसे शुल्क नहीं लगाना पड़ता।

क्या मैं एक साथ कई फ़ाइलें रूपांतरित कर सकता हूँ?

हाँ! आप एक साथ जितनी चाहें उत्तम फ़ाइलें रूपांतरित कर सकते हैं। बस जब आप उन्हें जोड़ते हैं तो कई फ़ाइलें चुनें।