দেখুন PCTs

PDB (প্রোটিন ডেটা ব্যাংক) ইমেজ ফরম্যাট একটি প্রচলিত 'ইমেজ' ফরম্যাট নয় যেমন JPEG বা PNG, বরং এটি একটি ডেটা ফরম্যাট যা প্রোটিন, নিউক্লিক এসিড এবং জটিল সমাবেশ সম্পর্কে ত্রিমাত্রিক স্ট্রাকচারাল তথ্য সংরক্ষণ করে। PDB ফরম্যাটটি বায়োইনফরম্যাটিক্স এবং স্ট্রাকচারাল বায়োলজির একটি ভিত্তি, কারণ এটি বিজ্ঞানীদের জৈবিক ম্যাক্রোমলিকিউলের আণবিক স্ট্রাকচার ভিজ্যুয়ালাইজ, শেয়ার এবং বিশ্লেষণ করতে দেয়। PDB আর্কাইভটি ওয়ার্ল্ডওয়াইড প্রোটিন ডেটা ব্যাংক (wwPDB) দ্বারা পরিচালিত হয়, যা নিশ্চিত করে যে PDB ডেটা বিশ্বব্যাপী সম্প্রদায়ের কাছে স্বাধীনভাবে এবং জনসাধারণের জন্য উপলব্ধ।

PDB ফরম্যাটটি প্রথমে 1970 এর দশকের প্রথম দিকে আণবিক স্ট্রাকচার উপস্থাপনের একটি মানক পদ্ধতির ক্রমবর্ধমান চাহিদা পূরণের জন্য তৈরি করা হয়েছিল। তারপর থেকে, এটি বিস্তৃত পরিসরের আণবিক ডেটা সামঞ্জস্য করার জন্য বিবর্তিত হয়েছে। ফরম্যাটটি টেক্সট-ভিত্তিক এবং মানুষেরা পড়তে পারে এবং কম্পিউটার দ্বারা প্রক্রিয়াকরণ করা যেতে পারে। এটি একটি সিরিজ রেকর্ড নিয়ে গঠিত, যার প্রত্যেকটি একটি ছয়-অক্ষরের লাইন আইডেন্টিফায়ার দিয়ে শুরু হয় যা সেই রেকর্ডে থাকা তথ্যের ধরন নির্দিষ্ট করে। রেকর্ডগুলি স্ট্রাকচারের একটি বিস্তারিত বিবরণ প্রদান করে, যার মধ্যে রয়েছে পারমাণবিক কোঅর্ডিনেট, সংযোগ এবং পরীক্ষামূলক ডেটা।

একটি সাধারণ PDB ফাইল একটি হেডার সেকশন দিয়ে শুরু হয়, যার মধ্যে প্রোটিন বা নিউক্লিক এসিড স্ট্রাকচার সম্পর্কে মেটাডেটা থাকে। এই সেকশনে TITLE এর মতো রেকর্ড থাকে, যা স্ট্রাকচারের একটি সংক্ষিপ্ত বিবরণ দেয়; COMPND, যা রাসায়নিক উপাদানগুলি তালিকাভুক্ত করে; এবং SOURCE, যা জৈবিক অণুর উৎপত্তি বর্ণনা করে। হেডারে AUTHOR রেকর্ডও অন্তর্ভুক্ত থাকে, যা স্ট্রাকচার নির্ধারণকারী ব্যক্তিদের নাম তালিকাভুক্ত করে, এবং JOURNAL রেকর্ড, যা সাহিত্যের একটি উদ্ধৃতি প্রদান করে যেখানে স্ট্রাকচারটি প্রথম বর্ণনা করা হয়েছিল।

হেডারের পরে, PDB ফাইলে SEQRES রেকর্ডে ম্যাক্রোমলিকিউলের প্রাথমিক সিকুয়েন্স তথ্য থাকে। এই রেকর্ডগুলি রেসিডিউগুলির সিকুয়েন্স তালিকাভুক্ত করে (প্রোটিনের জন্য অ্যামিনো অ্যাসিড, নিউক্লিক এসিডের জন্য নিউক্লিওটাইড) যেমনটি চেইনে প্রদর্শিত হয়। এই তথ্যটি একটি অণুর সিকুয়েন্স এবং তার ত্রিমাত্রিক স্ট্রাকচারের মধ্যে সম্পর্ক বোঝার জন্য অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ।

ATOM রেকর্ডগুলি যুক্তিযুক্তভাবে একটি PDB ফাইলের সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ অংশ, কারণ এগুলিতে অণুতে প্রতিটি পরমাণুর জন্য কোঅর্ডিনেট থাকে। প্রতিটি ATOM রেকর্ডে পরমাণুর সিরিয়াল নম্বর, পরমাণুর নাম, রেসিডিউ নাম, চেইন আইডেন্টিফায়ার, রেসিডিউ সিকুয়েন্স নম্বর এবং অ্যাংস্ট্রমে পরমাণুর x, y এবং z কার্টেসিয়ান কোঅর্ডিনেট থাকে। ATOM রেকর্ডগুলি অণুর ত্রিমাত্রিক স্ট্রাকচারের পুনর্গঠন করার অনুমতি দেয়, যা PyMOL, Chimera বা VMD এর মতো বিশেষায়িত সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে ভিজ্যুয়ালাইজ করা যেতে পারে।

ATOM রেকর্ডগুলি ছাড়াও, HETATM রেকর্ডগুলি এমন পরমাণুগুলির জন্য থাকে যা অ-মানক রেসিডিউ বা লিগ্যান্ডের অংশ, যেমন ধাতব আয়ন, জলের অণু বা প্রোটিন বা নিউক্লিক এসিডের সাথে আবদ্ধ অন্যান্য ছোট অণু। এই রেকর্ডগুলি ATOM রেকর্ডের মতোই ফরম্যাট করা হয় তবে স্ট্রাকচারের মধ্যে অ-ম্যাক্রোমলিকিউলার উপাদানগুলির সনাক্তকরণ সহজ করার জন্য পৃথক করা হয়।

সংযোগ তথ্য CONECT রেকর্ডে প্রদান করা হয়, যা পরমাণুগুলির মধ্যে বন্ধন তালিকাভুক্ত করে। এই রেকর্ডগুলি বাধ্যতামূলক নয়, কারণ বেশিরভাগ আণবিক ভিজ্যুয়ালাইজেশন এবং বিশ্লেষণ সফ্টওয়্যার পরমাণুগুলির মধ্যে দূরত্বের উপর ভিত্তি করে সংযোগ অনুমান করতে পারে। যাইহোক, এগুলি অস্বাভাবিক বন্ধন সংজ্ঞায়িত করার জন্য বা ধাতব সমন্বয় জটিল সহ স্ট্রাকচারের জন্য অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ, যেখানে শুধুমাত্র পারমাণবিক কোঅর্ডিনেট থেকে বন্ধন সুস্পষ্ট নাও হতে পারে।

PDB ফরম্যাটে আলফা হেলিক্স এবং বিটা শিটের মতো সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার উপাদান নির্দিষ্ট করার জন্য রেকর্ডও অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। HELIX এবং SHEET রেকর্ডগুলি এই স্ট্রাকচারগুলি সনাক্ত করে এবং সিকুয়েন্সের মধ্যে তাদের অবস্থান সম্পর্কে তথ্য প্রদান করে। এই তথ্যটি ম্যাক্রোমলিকিউলের ভাঁজ প্যাটার্ন বোঝার জন্য সাহায্য করে এবং তুলনামূলক অধ্যয়ন এবং মডেলিংয়ের জন্য অপরিহার্য।

স্ট্রাকচার নির্ধারণের জন্য ব্যবহৃত পরীক্ষামূলক ডেটা এবং পদ্ধতিগুলিও PDB ফাইলে ডকুমেন্ট করা হয়। EXPDTA এর মতো রেকর্ডগুলি পরীক্ষামূলক কৌশল বর্ণনা করে (যেমন, এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফি, NMR স্পেকট্রোস্কপি), যখন REMARK রেকর্ডগুলি স্ট্রাকচার সম্পর্কে বিস্তৃত মন্ত